真・女神転生の続きです。カテドラルに入ったけど、今回はヨシオとワルオのお使いで、ラーヴァナとヴィシュヌに会うために都庁が舞台となります。 ロウ陣営、カオス陣営それぞれ人間たちと悪魔は意図の疎通がイマイチとれておらず、結局は両方倒すことになります。この後はカテドラルに入ってボス戦ラッシュ展開、最終決戦に入っていきます。

上野で黄金のリンゴを手に入れて、ケルベロス(パスカル)との再会も果たしたフツオ。 T.D.Lこと東京デスティニーランド(個人的にはかなり責めた名前だと思ってます)に入ります。 今回が中盤の最後にあたる場面になり、ルートというか属性が固定されます。 今後は終盤カテドラルに入り、色々な神や悪魔と戦うことになります。

スガモプリズンを脱出して上野方面に抜けたフツオ達。 上野にはガイア教の大神殿があり、地下には怪獣ラドンがいます。 上野ではルイサイファーなる謎の人物に会い、そこで思わぬ再会も。 今回この上野はイベントだけこなして、探索せずに次のT.D.Lに進んだんだけど、メモリーボードっていうアイテムを取りこぼしちゃいました。

前回ワルオに捕らえられたフツオらは、 かつて実在した、「巣鴨拘置所」をまんまモデルにしたスガモプリズンという拘束施設に連れていかれます。 そこで、閻魔大王こと天魔ヤマの裁きを受けることになります。 ここからは、なるべく悪魔たちの要求を突っぱねて戦闘になるようにしていくことでニュートラルルートに進めていくことになります。